Marvels Captain America: Civil War tar vid där Avengers: Age of Ultron slutade. Steve Rogers leder det nya teamet med Avengers i deras fortsatta arbete för att skydda mänskligheten. Men när Avengers är inblandade i en stor internationell händelse, som resulterar i att oskyldiga drabbas av stora skador, ökar kravet på att ett nytt system ska installeras. Ett system som innebär att en styrelse ska avgöra när man bör anlita Avengers tjänster. Detta beslut splittrar Avengers samtidigt som teamet försöker försvara världen mot en ny och ondskefull kraft.